כיום, עלות הפקת המימן הירוק נותרה גבוהה. בדו"ח שפורסם בשנה שעברה (באמצעות 2018 נתונים), סוכנות האנרגיה הבינלאומית העמידה את עלות המימן הירוק ב-3 עד 7.5 דולר לקילוגרם, בעוד שעלות ייצור המימן שהותקן בדיעבד עם מתאן קיטור הייתה 0.90-3.20 דולר לכל ק"ג. קִילוֹ. הפחתת עלות האלקטרוליזרים היא קריטית להורדת מחיר המימן הירוק, אבל זה ייקח זמן והיקף. סוכנות האנרגיה הבינלאומית אמרה בשנה שעברה שעלויות האלקטרוליזה עשויות לרדת בחצי עד 2040 מכ-840 דולר לקילוואט קיבולת כיום. המקרה העסקי למימן ירוק דורש הרבה חשמל מתחדש זול, שכן חלק ניכר מתהליך האלקטרוליזה הולך לאיבוד. אלקטרוליזרים יעילים בין 60% ל-80%, לפי Shell.
יישומים רבים עשויים לדרוש מימן ירוק להפעלת תאי דלק, מה שמוביל להפסדים נוספים שהופכים את אתגר היעילות לחמור עוד יותר. כמה משקיפים משערים שייצור מימן ירוק יכול לספוג עודף קיבולת אנרגיה מתחדשת במרכזי ייצור גדולים כמו חוות הרוח הימיות באירופה. עם זאת, בהתחשב בעובדה שעלות האלקטרוליזרים נותרה גבוהה, ישנה שאלה אם מפתחי פרויקטים של מימן ירוק יהיו מוכנים לתת לאלקטרוליזרים שלהם לשבת בחוסר מעש עד שמחירי האנרגיה המתחדשת ירדו לרמה מסוימת. סביר יותר, כפי ש-BP ו-Shell כבר שוקלים, מפתחים יבנו מפעלי ייצור מימן ירוק באזורים עתירי משאבים ויציידו להם נכסי ייצור חשמל מתחדשים ייעודיים.
