תפקידה של מערכת הבקרה האלקטרונית הוא להבטיח שמערכת אספקת המימן, מערכת אספקת האוויר ומערכת ניהול המים והחום יוכלו לפעול בצורה מתואמת ויעילה, כדי שיוכלו להפעיל את ביצועיהם האופטימליים.
הוא מורכב בעיקר מחיישנים שונים, מדי זרימה, רכיבי שסתומים, לוגיקה בקרה וכו'.
